A situação de Bolsonaro também foi agravada pela confirmação dos ex-comandantes do Exército, general Marco Antonio Freire Gomes, e da Força Aérea Brasileira (FAB), tenente-brigadeiro do ar Carlos Baptista Júnior, de que Bolsonaro os pressionou a aderir a um golpe de Estado para se manter no poder.
O ex-comandante da Marinha Almir Garnier foi o único dos três chefes militares a, segundo a investigação da PF, colocar suas tropas à disposição para uma intentona golpista. O ex-ministro da Defesa, Paulo Sérgio Nogueira, é listado como pertencente ao núcleo de oficiais de alta patente que teriam se valido do cargo "para influenciar e incitar o apoio aos demais núcleos de atuação, por meio do endosso de ações e medidas a serem adotadas, para a consumação do golpe de Estado".
Já Anderson Torres, fora a omissão no 8 de Janeiro — quando ele, mesmo sendo secretário de Segurança e sabendo do risco de invasão das sedes dos Três Poderes, decidiu tirar férias e deixar Brasília —, será indiciado por ter servido, nas palavras dos ex-comandantes militares, como "tradutor jurídico" da minuta golpista.
Augusto Heleno e Braga Netto
Contra o ex-ministro do Gabinete de Segurança Institucional Augusto Heleno, uma das principais provas encontradas pela Polícia Federal foram anotações de teor golpista em uma agenda apreendida em sua casa. O compilado reunia medidas que poderiam ser adotadas pelo governo Bolsonaro, por exemplo, para frear a Polícia Federal e o Supremo, prevendo até a prisão de delegados que se dispusessem a cumprir ordens judiciais consideradas ilegais pelo governo.
A Polícia Federal encontrou provas documentais e colheu depoimentos confirmando que o ex-ministro da Defesa e candidato derrotado à Vice-Presidência, Walter Braga Netto, tentou pressionar o ex-comandante do Exército Freire Gomes a aderir ao golpe de Estado. Numa das mensagens, ele chama o general de "cagão" por não ser golpista.
A PF também encontrou no celular de Braga Netto mensagens trocadas em dezembro de 2022 entre ele e Ailton Gonçalves Moraes Barros, amigo de Bolsonaro, com orientações para que o ex-comandante da Aeronáutica Baptista Júnior fosse atacado, pela mesma razão.
Diante da resistência de Baptista Júnior em aderir aos planos golpistas, Braga Netto o classificou como "traidor da pátria", enquanto fazia elogios a Garnier, comandante da Marinha, em concordância com o golpismo bolsonarista.
Todos os seis negam que tenham participado de qualquer plano ilegal ou golpista.